Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) merupakan salah satu dari 9 Fakultas yang ada di Universitas Pattimura. Fakultas MIPA Universitas Pattimura (Unpatti) Ambon embrionya dirintis melalui kerja sama Universitas Pattimura dengan Canadian International Development Agency (CIDA) melalui proyek Eastern Indonesian University Development Project (EIUDP) yang dimulai sejak tahun 1988, dengan membentuk Unit Pelayanan Ilmu-Ilmu Dasar (Basic Science Unit (BSU)) untuk Matematika, Biologi, Kimia, Fisika, dan Statistika yang mendapat dukungan dari Universitas Simon Fraser di Kanada dan beberapa universitas dalam negeri seperti Institut Teknologi Bandung (ITB), Universitas Gadjah Mada (UGM), Institut Pertanian Bogor (IPB), dan Universitas Hasanuddin (Unhas) dalam bentuk Short Course, studi S1 dan studi lanjut di dalam dan luar negeri. Embrio Fakultas MIPA Unpatti adalah Basic Sains Unit yang bertugas menyelenggarakan layanan kuliah dasar MIPA sebelum dialihkan ke Fakultas MIPA. Pada saat itu BSU dipimpin oleh Dra. Betty Leuhery, SU yang kemudian menjadi Dekan Fakultas MIPA Unpatti yang pertama. BSU terdiri dari 5 (lima) kelompok bidang ilmu yakni Biologi dengan koordinator Drs. I. Seipala, MS; Fisika dengan koordinator Ir. S. Hendriks, M.Sc; Kimia dengan koordinator Ir. A. Hehakaya, MS; Matematika dengan koodinator Dra. E. Tutuhatunewa, M.Pd; dan Statistika dengan koordinator Ir. S. P. Telussa, MS. Dalam perkembangannya, Kelompok Statistika tidak berdiri sendiri namun dilebur bersama Kelompok Matematika.
Fakultas MIPA Unpatti secara resmi berdiri pada tanggal 26 Februari 1998 dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional No.045/C/1998 untuk menyelenggarakan layanan kuliah dasar MIPA (Matematika, Biologi, Kimia dan Fisika) dalam lingkungan Unpatti.
Pada akhir Tahun 1999 terbentuk struktur organisasi Jurusan di Fakultas MIPA Unpatti dan terdapat empat jurusan yakni Jurusan Biologi, Jurusan Fisika, Jurusan Kimia, dan Jurusan Matematika. Pada Tahun 2000, Fakultas MIPA menerima mahasiswa angkatan pertama melalui Jalur Seleksi PSSB (Program Seleksi Siswa Berprestasi). Proses perkuliahan di Fakultas MIPA sudah dilaksanakan sejak Tahun 2000, namun ijin penyelenggaraan Program Studi (Biologi, Fisika, Kimia dan Matematika) baru diperoleh pada tanggal 26 September 2001 berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Dikti No: 3115/D/T/2001. Seiring berjalannya waktu, pada tanggal 2 Februari 2018, Program Studi Statisika resmi dibuka pada Jurusan Matematika berdasarkan Surat Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi nomor 117/KPT/1/2018. Selain itu pada Tahun 2020 dibuka Program Magister Kimia berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 427/M/2020 tanggal 8 April 2020. Selanjutnya Pada Tahun 2022, Fakultas MIPA menambah satu program studi lagi yaitu Program Studi Bioteknologi pada Jurusan Biologi berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia Nomor 157/E/O/2022 tanggal 11 Maret 2022, dan Program Studi Ilmu Komputer pada Jurusan Matematika berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia nomor 290/E/O/2022 tertanggal 22 April 2022. Kemudian pada tahun yang sama dibukanya Program Studi Farmasi (Surat Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia Nomor 798/E/O/2022 tanggal 2 November 2022). Selanjutnya, dibuka Program Studi Sains Biomedis (Surat Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia Nomor 351/E/O/2023 tanggal 6 April 2023). Terakhir, tahun ini (2024) telah dibuka Program Studi Keselamatan dan Kesehatan Kerja (Surat Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi Nomor 694/E/O/2024 tanggal 17 Oktober 2024.
Setelah melalui proses panjang, melibatkan koordinasi pimpinan fakultas MIPA, senat fakultas MIPA, para pimpinan jurusan dan ketua program studi di lingkup FMIPA dengan pimpinan universitas, senat universitas, dan kementerian, serta terkait Surat Edaran Menristekdikti No. 05/M/SE/X/2017 tentang moratorium pembentukan fakultas baru hingga akhir 2021. Akhirnya mendapat persetujuan untuk melakukan perubahan ini pada tahun 2022. Proses perubahan nama ini didorong oleh kebutuhan untuk menyesuaikan diri dengan regulasi yang berlaku, terutama Surat Dirjen Belmawa Nomor 0404/E3.2/2015 tentang Rumpun Ilmu Pengetahuan dan Teknologi. Selain itu, Kepmenristekdikti No. 57/M/KPT/2019 tentang Nama Program Studi dan Rumpun Ilmu menegaskan kembali bahwa program studi di perguruan tinggi yang seharusnya dikelompokkan ke dalam rumpun ilmu yang tepat, yaitu rumpun ilmu alam, formal, dan terapan.
Maka, berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia Nomor 24 Tahun 2024 tentang organisasi dan tata kerja Universitas Pattimura. (Ditetapkan di Jakarta tanggal 4 Juli 2024 dan diundangkan tanggal 8 Juli 2024). Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) berubah nama menjadi Fakultas Sains dan Teknologi (FST).