Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (MIPA) Universitas Pattimura Ambon didukung dengan peralatan dan fasilitas yang tersebar pada Laboratorium Dasar maupun Laboratorium Divisi atau spesifik sesuai keilmuan di Jurusan Matematika, Jurusan Fisika, Jurusan Biologi dan Jurusan Kimia.
Laboratorium Divisi (Spesifik Keilmuan) MIPA
Jurusan Matematika
(Kepala Laboratorium Jurusan Matematika: Lexy J. Sinay, S.Si., M.Sc)
| No. | Laboratorium Divisi | Kepala Divisi |
| 1. | Laboratorium Analisis dan Aljabar | Dr. Hermanus Batkunde, S.Si., M.Si |
| 2. | Laboratorium Matematika Terapan | Dr. Lazarus K. Beay, S.Pd., M.Si |
| 3. | Laboratorium Statistik | M. S. Noya Van Delsen, S.Si., M.Sc |
| 4. | Laboratorium Aktuaria | Norisca Lewaherilla, S.T., M.Si |
| 5. | Laboratorium Komputasi Sains | Citra F. Palembang, S.Kom., M.Kom |
Jurusan Fisika
(Kepala Laboratorium Jurusan Fisika: Pieldrie Nanlohy, S.Si., M.Si)
| No. | Laboratorium Divisi | Kepala Divisi |
| 1. | Laboratorium Elektronika dan Instrumentasi | Prof. Hendry I. Elim, S.Si., M.Si., Ph.D |
| 2. | Laboratorium Zat Padat dan Optik | Grace Loupatty, S.Si., M.Si |
| 3. | Laboratorium Geofisika | J. R. Kelibulin, S.Si., M.Sc |
| 4. | Laboratorium Pemodelan Fisika | A. Y. Elake, S.Si., M.Sc |
| 5. | Laboratorium Fisika Atom dan Inti | S. M. Sapulete, S.Si., M.Sc |
Jurusan Biologi
(Kepala Laboratorium Jurusan Biologi: Prof. Dr. Adriana Hiariej, MP.)
| No. | Laboratorium Divisi | Kepala Divisi |
| 1. | Laboratorium Parasitologi | Laury M. Ch. Huwae, S.Si., M.Si |
| 2. | Laboratorium Ekologi | Dr. Handy E. P. Leimena, S.Si., M.Si |
| 3. | Laboratorium Bioteknologi | Dr. Rony M. Kunda, S. Bio, M.Sc |
| 4. | Laboratorium Mikroteknik | Dr. Chomsa D. Umi Baszary, S.Si |
| 5. | Laboratorium Mikrobiologi | Edwin T. Apituley, S.Si., M.Si |
| 6. | Laboratorium Bioinformatika | Dr. Anneke Pesik, SP., M.Si |
| 7. | Laboratorium Zoologi | Dr. Adrien J. A. Unitly, S.Si., M.Si., AIFO |
| 8. | Laboratorium Taksonomi | Debby D. Moniharapon, SP., M.Si. |
| 9. | Laboratorium Botani | Efraim Samson, S.Si., M.Si |
Jurusan Kimia
(Kepala Laboratorium Jurusan Kimia: Dr. Catherina M. Bijang, M.Si.)
| No. | Laboratorium Divisi | Kepala Divisi |
| 1. | Laboratorium Organik | Dr. Mario R. Sohilait, S.Si., M.Sc. |
| 2. | Laboratorium Anorganik | Shielda N. Joris, S.Si., M.Si |
| 3. | Laboratorium Kimia Fisika | Drs. Adriani Bandjar, DIPL.EE., M.Sc. |
| 4. | Laboratorium Analitik | Jolantje Latupeirissa, S.Si., M.Si. |
| 5. | Laboratorium Biokimia | Nelson Gaspersz, M.Si |
| 6. | Laboratorium Komputasi | Rahayu, S.Si., M.Sc |