Fakultas dipimpin oleh Dekan dan dibantu Wakil Dekan Bidang Akademik, Wakil Dekan Bidang Administrasi Umum dan Keuangan, Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan dan Alumni, serta Wakil Dekan Bidang Perencanaan, Kerjasama, dan Sistem Informasi. Dekan bertanggung jawab kepada Senat Fakultas tentang kebijakan akademik yang ditetapkan. Fakultas Sains dan Teknologi (FST) memiliki lembaga senat fakultas yang berperan dalam menjalankan mekanisme pengambilan keputusan di tingkat fakultas. Akan tetapi di tahun 2020 mengikuti kebijakan pemerintah pusat terkait perampingan birokrasi maka FST Universitas Pattimura juga melakukan perampingan terhadap beberapa organ/unit yang ditunjukkan pada gambar struktur di bawah ini.

Struktur Organisasi Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Pattimura
Sub Bagian Akademik | 1. Menyusun rencana dan program kerja sub bagian dan mempersiapkan penyusunan rencana |
Sub Bagian Umum dan Perlengkapan | 1. Menyusun rencana dan program kerja subbagian |
Sub Bagian Keuangan dan Kepegawaian | 1. Menyusun rencana dan program kerja subbagian |
Sub Bagian Kemahasiswaan | 1. Menyusun rencana dan program kerja sub bagian |
Jurusan | Sebagai pelaksana kegiatan akademik, menjalankan pendidikan akademik, profesional dan atau/vokasi |
Program Studi | Merupakan kesatuan kegiatan pendidikan dan pembelajaran yang memiliki kurikulum dan metode pembelajaran tertentu dalam satu jenis pendidikan akademik, pendidikan profesi, dan/atau pendidikan vokasi. Saat ini terdapat 10 Program Studi (Matematika, Fisika, Biologi, Kimia, Statistika, Bioteknologi, Ilmu Komputer, Farmasi, Sains Biomedis, Keselamatan dan Kesehatan Kerja). |
Laboratorium | Melakukan kegiatan dalam cabang ilmu pengetahuan dan teknologi sebagai penunjang pelaksanaan tugas pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat di lingkungan Fakultas. |
Dosen | Menyelenggarakan proses pembelajaran, menilai hasil pembelajaran, melakukan pembimbingan dan pelatihan serta melakukan penelitian dan pengabdian masyarakat. keuangan, kepegawaian, ketatalaksanaan, ketatausahaan, kerumahtanggaan, pengelolaan barang milik negara, dan pelaporan di lingkungan Fakultas. |
TK2A | Melakukan evaluasi pembelajaran semester dan menyusun laporan hasil evaluasi proses pembelajaran, membuat evaluasi diri Jurusan/Bagian/Program Studi, Memperbaiki proses belajar-mengajar, Mengirim hasil evaluasi diri Jurusan/Bagian/Program Studi ke K3SPMI. TK2A melaksanakan rapat minimal dua kali dalam satu tahun. Tim Koordinasi Semester (TKS) merupakan kelompok kerja dosen dan mahasiswa. |
TKS | Membantu Jurusan dan Program Studi dalam kelancaran kegiatan akademik semester, Mengevaluasi proses belajar mengajar, membuat laporan tentang penilaian Program Studi dan kegiatannya setiapsemester untuk disampaikan ke TK2A, Membahas proses pembelajaran yang sedang berlangsung, dan membuat laporan kegiatan dan penilaian Program Studi untuk disampaikan kepada TK2A |
